林風學子在國際期刊以共同第一作者發表高水平論文

發布者:費思迎發布時間:2019-07-24浏覽次數:1815

日前,我校林學與風景園林學院2015級草業科學專業學生汪偉旭以共同第一作者在國際期刊《Molecular Cancer》(2019 IF 10.679IF 5 year7.898)發表題爲“Pan-cancer analysis identifies telomerase associated signatures and cancer subtypes”(https://doi.org/10.1186/s12943-019-1035-x)的論文。其中,我校汪偉旭同學、辛辛那提大學的羅鎮華博士以及哈佛大學的李鋒博士共同爲該論文的第一作者;中山大學數據科學與計算機學院戴智明副教授與生命科學學院熊遠妍副教授共同爲該論文的共同通訊作者。

該論文認爲,癌細胞通過端粒維持機制變得永生化,例如端粒酶逆轉錄酶(TERT)激活。除了維持端粒長度,TERT還激活多種細胞存活信號傳導途徑。然而,癌症中端粒酶相關基因的特征仍然難以捉摸。課題組使用癌症基因組圖譜(TCGA)的多維數據對TERT高低表達癌症進行了系統分析,結果發現:TERT高表達特異性mRNA表達特征與癌症類型的細胞周期相關共表達模塊相關;細胞周期模塊中hub基因的實驗篩選表明TPX2EXO1是端粒酶活性和細胞存活的潛在調節劑;miRNA分析顯示,TERT高表達特異性miR-17-92簇可以靶向富含TERT低表達癌症的生物過程,並且其表達與腫瘤/正常端粒長度比率呈負相關。有趣的是,TERT高表達癌症傾向于在細胞外基質組織基因中發生突變並擴增MAPK信號傳導。通過挖掘藥物靶點數據庫,發現了許多TERT高表達癌症中特異性體細胞突變,拷貝數增加和含有治療靶標的高表達基因。最後,一個整合端粒酶相關多組學特征的隨機森林分類器確定了兩種癌症亞型,顯示端粒酶活性和患者存活率存在顯著差異。該研究結果描繪了癌症中端粒酶相關的分子景觀,並爲癌症治療提供了治療機會。

汪偉旭在校期間受試驗統計學、遺傳學、草業生物技術、牧草育種學等課程影響,對高維統計,模式識別以及機器學習在癌症數據上的應用有著濃厚的興趣,于2016年下半年参与该课题研究,参与期间主要负责该项目的统计分析部分,包括利用权重得分倾向性匹配模型,共表达网络模型以及基于随机森林的无监督聚类模型等对数据进行系统分析。目前汪伟旭已推免至复旦大学生物统计系攻读硕士研究生,研究方向为单细胞组学和计算生物学。(文 林学与风景园林学院 张建国 孔晓娟)

  

(責任編輯:費思迎)


返回原圖
/